Najlepszym środkiem transportu w Japonii jest niewątpliwie kolej. W Japonii działa kilka różnych spółek kolejowych, trzeba o tym pamiętać kupując bilet. Każdy cudzoziemiec może wykupić Japan Rail Pass. To absolutna konieczność jeśli nie chcemy spędzić całego pobytu w jednym miejscu. Można z nim jeździć pociągami należącymi do Japan Railways – JR (oprócz Shinkansen – Nozomi), przez okres na jaki go wykupimy (7, 14, 21 dni). Jedynym minusem jest cena, za 7 dni (normalny) trzeba zapłacić  28300 Yenów, czyli w zależności od kursu ok. 1200 zł. W tym miejscu jednak należy wspomnieć, że Shinkansen Tokio – Kioto kosztuje ok. 600 zł w jedną stronę.

                JR Pass na razie nie jest dostępny w Polsce, można go zamówić przez Internet z Niemiec, Węgier, Anglii i wielu innych krajów. Po wypełnieniu formularza i uiszczeniu wszystkich opłat przesłany zostanie voucher, który trzeba wymienić na lotnisku w Japonii (albo innym biurze JR). Na lotnisku Tokio Narita wystarczy zejść na piętro -1 i udać się do jednego z biur JR. W niektórych jest dodatkowa szybka kolejka do wymiany voucherów. Pracownik biura zamieni go na właściwy bilet, gdzie wpisze okres ważności (data w systemie japońskim – era i rok panowania cesarza), dane osobowe.

                Jeśli nikt nas nie odbiera, to z lotniska Narita najlepiej do Tokio (prawie 60 km) dostać się koleją. Są również autobusy i taksówki (cena waha się pomiędzy drogo i bardzo drogo), można wypożyczyć samochód, ale na pierwszy pobyt to może nie być dobry pomysł.  Bilety kolejowe nie są tanie, ale mając JR Pass można niczym się nie martwić.

                Korzystanie z JR Pass jest w miarę proste, trzeba jednak pamiętać by robić rezerwację. Na Naricie odbierając Pass można zrobić pierwszą na pociąg do Tokio, mówiąc gdzie chcemy jechać dostaniemy małą karteczkę z opisaną rezerwacją. Konkretne miejsce, w konkretnym wagonie i tego trzeba się trzymać – przepisy, a poza tym Narita Express może być rozdzielany w połowie składu na jednym z przystanków, pierwsza część jedzie na dworzec Tokio, a druga na inne tokijskie stacje. NA stacjach końcowych i początkowych pociągi są sprzątane, w tym czasie nie można wejść do środka, należy zaczekać aż ekipa sprzątająca skończy.

                Na dworcach przed wejściem na peron zainstalowane są bramki, mając bilet należy go skasować i przejść przez bramki. Bilety można kupić w kasie spółki lub w automatach. JR Pass działa inaczej bo nie da się go zeskanować w czytniku. Trzeba go wyjąć, otworzyć i pokazać obsłudze przy wejściu dla niepełnosprawnych, najczęściej gdzieś po bokach pod ścianą. Obsługa widząc Pass kłania się uprzejmie i otwiera bramkę.

                Niedługo opis szybkich pociągów Shinkansen, komunikacji miejskiej i tego co wolno, a czego nie wypada robić w japońskim pociągu.