Perony Shinkansen zwykle są w nieco innej części dworca, niż pozostałe pociągi, na szczęście wszystko jest dobrze oznaczone. Istnieją dwie klasy wagonów: Green Car ze znaczkiem zielonego liścia i zwykła. Green Car to pierwsza klasa, w której oferowane są  wygodniejsze fotele, więcej miejsca. Można wykupić JR na Green Car, jest to jednak koszt 37 800 Yenów (ok. 1700 zł na 7 dni). Zwykłymi wagonami, również podróżuje się bardzo wygodnie i przyjemnie. Zależnie od pociągu (trasa, dzień, pora dnia, klasa) w środku miejsca mogą być objęte rezerwacją i lub nie. Niektóre składy mają wszystkie fotele rezerwowane, inne nie mają takich miejsc w ogóle. Rezerwacji dokonuje się w biurze JR na danej stacji. Należy podać na jaki pociąg skąd, dokąd chcemy jechać, wtedy obsługa wystawi karteczkę z numerem miejsca, wagonu i pociągu. Na peronach są dokładnie zaznaczone miejsca, w których staną drzwi danego wagonu. Japończycy ustawiają się w kolejce do konkretnych drzwi, wystarczy podążać za nimi i zająć przydzielone sobie miejsce. Z rezerwacją mamy pewność, że będzie na nas czekał wolny fotel. Bez niej nie ma gwarancji znalezienia miejsca siedzącego, czasami może być ciasno ze stojącymi.

                Jak w każdym miejscu w Japonii, również w pociągach obowiązuje pewien przyjęty kodeks zachowań (nie licząc rzeczy prawnie zabronionych). W wagonach nie wolno palić, podobnie jak na ulicy w każdym mieście. W Shinkansenie są specjalne kabiny do palenia w, których można się zamknąć i oddać nałogowi. Nie należy rozmawiać przez telefony komórkowe. W zwykłych i miejskich pociągach są strefy, w których trzeba je całkowicie wyłączyć (miejsca dla osób starszych, kobiet w ciąży, niepełnosprawnych). Shinkanseny mają osobne kabiny do rozmawiania przez telefon, podobnie jak do przebrania się, przewinięcia dziecka, toalety itd. Podobnie jak w większości miejsc w Japonii, nie wolno hałasować, źle widziane jest dmuchanie nosa. W Shinkansenie można jeść i pić (czasami na pokładzie można zakupić również alkohol). Każdy fotel ma przed sobą rozkładany stolik podobny do lotniczego. W zwykłych pociągach podobnie jak na ulicy nie powinno się spożywać posiłków. Konduktorowi sprawdzającemu bilety należy okazać zarówno JR Pass jak i rezerwację jeśli w pociągu jest wymagana. W składach miejskich czasami można trafić na wagon tylko dla kobiet. Zakaz wstępu dla mężczyzn obowiązuje najczęściej w czasie porannego i popołudniowego tłoku. Wagony dla kobiet wprowadzono reagując na problem, który czasami się zdarzał – w ścisku godzin szczytu niektórzy pasażerowie nie umieli utrzymać rąk przy sobie.

                Oprócz Shinkansenów są jeszcze wolniejsze normalne pociągi. Są znacznie tańsze ale niestety jadą o wiele dłużej. Na przykład trasę Tokio – Kioto (500 km), może pokonywać nawet 8 godzin. Shinkansen pokonuje tą trasę w 2,5 godziny, co czyni go najwygodniejszym sposobem przemieszczania się. Można spróbować skorzystać z normalnych składów nocnych dla zaoszczędzenia czasu. Trzeba jednak sprawdzić, czy takie połączenie w ogóle istnieje na danej trasie. Zwykłe składy są mniej komfortowe, ale również bardzo wygodne.

                Tokio i wiele innych japońskich miast ma rozbudowaną sieć metra. Jeśli nie wiemy ile kosztuje przejazd do założonego celu to można kupić dowolny bilet w automacie dojechać do miejsca do, którego chcemy a następnie dopłacić brakującą różnicę przy wyjściu. Na szczęście Tokio ma również rozbudowaną sieć pociągów naziemnych należących do JR. Dzięki temu szybko i sprawnie można przemieszczać się korzystając z posiadanego JR Pass, oszczędzając wtedy na biletach do metra i autobusowych. Szczególnie przydatna do zwiedzania Tokio jest linia Yamanote zamknięta w pętle i objeżdżająca cale miasto. Trasa oznaczona jest na zielono, przebiega przez najważniejsze stacje dalekobieżne Tokyo i Shinagawa (między innymi dojazd z lotniska Narita), oraz tokijskie dworce, z których można wyjść do najbardziej interesujących dzielnic i atrakcji Ueno, Shinjuku, Harajuku, Akihabara, Shibuya, Yoyogi.

                Japońskie pociągi służą nie tylko do przemieszczania się, jest to również ciekawy temat fotograficzny, nie tylko dla fanów kolei. Robienie zdjęć składów i na peronach nie jest zabronione. Szczególnie popularne są zdjęcia pociągów Shinkansen na tle góry Fuji. Można jednak wypracować bardziej kreatywne pomysły.

                Przed wyjazdem szukałem informacji o innych sposobach przemieszczania się, ale na miejscu okazało się, że kolej działa na tyle dobrze, że pozostałe środki lokomocji nie były potrzebne. Po Japonii można poruszać się autobusami i samochodem. Ruch jest lewostronny, a ulice często zakorkowane. Samochodem poruszałem się tylko gdy miła osoba zdecydowała się mnie gdzieś podwieźć. Autobusem nie jeździłem ze względu na posiadany JR Pass oraz fakt, że w większość miejsc da się wygodnie i szybko dojechać koleją. Na bardziej oddalone i mniejsze wyspy można dostać się promem lub szybciej samolotem. Loty krajowe obsługuje Japan Airlines (JAL), niestety jest to bardzo drogi przewoźnik na trasach wewnątrz Japonii, na co narzekają również sami Japończycy.

                Najlepszym środkiem transportu w Japonii jest niewątpliwie kolej. W Japonii działa kilka różnych spółek kolejowych, trzeba o tym pamiętać kupując bilet. Każdy cudzoziemiec może wykupić Japan Rail Pass. To absolutna konieczność jeśli nie chcemy spędzić całego pobytu w jednym miejscu. Można z nim jeździć pociągami należącymi do Japan Railways – JR (oprócz Shinkansen – Nozomi), przez okres na jaki go wykupimy (7, 14, 21 dni). Jedynym minusem jest cena, za 7 dni (normalny) trzeba zapłacić  28300 Yenów, czyli w zależności od kursu ok. 1200 zł. W tym miejscu jednak należy wspomnieć, że Shinkansen Tokio – Kioto kosztuje ok. 600 zł w jedną stronę.

                JR Pass na razie nie jest dostępny w Polsce, można go zamówić przez Internet z Niemiec, Węgier, Anglii i wielu innych krajów. Po wypełnieniu formularza i uiszczeniu wszystkich opłat przesłany zostanie voucher, który trzeba wymienić na lotnisku w Japonii (albo innym biurze JR). Na lotnisku Tokio Narita wystarczy zejść na piętro -1 i udać się do jednego z biur JR. W niektórych jest dodatkowa szybka kolejka do wymiany voucherów. Pracownik biura zamieni go na właściwy bilet, gdzie wpisze okres ważności (data w systemie japońskim – era i rok panowania cesarza), dane osobowe.

                Jeśli nikt nas nie odbiera, to z lotniska Narita najlepiej do Tokio (prawie 60 km) dostać się koleją. Są również autobusy i taksówki (cena waha się pomiędzy drogo i bardzo drogo), można wypożyczyć samochód, ale na pierwszy pobyt to może nie być dobry pomysł.  Bilety kolejowe nie są tanie, ale mając JR Pass można niczym się nie martwić.

                Korzystanie z JR Pass jest w miarę proste, trzeba jednak pamiętać by robić rezerwację. Na Naricie odbierając Pass można zrobić pierwszą na pociąg do Tokio, mówiąc gdzie chcemy jechać dostaniemy małą karteczkę z opisaną rezerwacją. Konkretne miejsce, w konkretnym wagonie i tego trzeba się trzymać – przepisy, a poza tym Narita Express może być rozdzielany w połowie składu na jednym z przystanków, pierwsza część jedzie na dworzec Tokio, a druga na inne tokijskie stacje. NA stacjach końcowych i początkowych pociągi są sprzątane, w tym czasie nie można wejść do środka, należy zaczekać aż ekipa sprzątająca skończy.

                Na dworcach przed wejściem na peron zainstalowane są bramki, mając bilet należy go skasować i przejść przez bramki. Bilety można kupić w kasie spółki lub w automatach. JR Pass działa inaczej bo nie da się go zeskanować w czytniku. Trzeba go wyjąć, otworzyć i pokazać obsłudze przy wejściu dla niepełnosprawnych, najczęściej gdzieś po bokach pod ścianą. Obsługa widząc Pass kłania się uprzejmie i otwiera bramkę.

                Niedługo opis szybkich pociągów Shinkansen, komunikacji miejskiej i tego co wolno, a czego nie wypada robić w japońskim pociągu.